分離原理：分子的體積排阻，樣品組分和固定相之間原則上不存在相互作用，色譜柱的固定相是具有不同孔徑的多孔凝膠，只讓臨界直徑小于凝膠孔開度的分子進入（保留），其孔徑大于溶劑分子，所以溶劑分子可以自由地出入。高聚物分子在溶液中呈無規(guī)則線團，線團的體積和分子量有一定的線性關系，對不同大小的溶質分子可以滲透到不同大小的凝膠孔內不同的深度，小的溶質分子，大孔小孔都可以進去，甚至可以滲透到很深的孔中。因此小的溶質分子保留時間長，洗脫體積大，而大的溶質分子保留時間短，洗脫體積小。

按照樣品所溶解的溶劑來選擇柱子所屬系列：

THF，DMF，三氯甲烷。

按照樣品分子量范圍來選擇色譜柱：

樣品分子量應處在排阻極限和滲透極限的范圍內，并且更好是處在校正曲線線性范圍內。

流動相選擇：

能完全溶解樣品，但不與試樣反應，不與填料有任何相互作用，黏度低，沸點比柱溫高20-50℃。

典型的流動相：

100mmol磷酸鉀和氯化鉀溶液。